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你了解CRISPR-Cas9基因敲入(knock-in)吗?
本文原创:生物奇迹 本文来源:细胞基因研究圈
CRISPR - Cas9 系统概述
CRISPR - Cas9 是一种源自细菌免疫系统的基因编辑技术。CRISPR(成簇规律间隔短回文重复序列)是细菌基因组中的一段特殊 DNA 序列,Cas9 是一种能够切割 DNA 双链的核酸内切酶。在基因编辑过程中,引导 RNA(gRNA)将 Cas9 引导至目标 DNA 序列位置,随后 Cas9 对目标 DNA 进行切割。
1.敲入(Knock - in)概念
基因敲入是一种将外源基因或经过修饰的基因序列精准插入基因组特定位置的技术。与基因敲除(Knock - out)不同,基因敲入的目的是在基因组中添加或改变基因信息。
2.CRISPR - Cas9 敲入的原理
首先,需要精心设计合适的 gRNA。gRNA 具有特异性识别并结合到基因组中目标敲入位点附近 DNA 序列的能力。在 gRNA 的引导作用下,Cas9 蛋白会在目标位点对 DNA 双链进行切割,从而产生 DNA 双链断裂(DSB)。
当细胞内出现 DSB 时,细胞会启动自身的 DNA 损伤修复机制,而该机制主要包括非同源末端连接(NHEJ)和同源定向修复(HDR)这两种途径。在基因敲入的过程中,主要借助的是 HDR 途径。
与此同时,向细胞中提供含有目的基因序列的供体 DNA 模板,该模板的两端设计有与 DSB 位点两侧具有同源性的序列。在 HDR 过程中,细胞会以供体 DNA 模板作为参考,将目的基因序列精准地整合到基因组的切割位点处,进而成功实现基因敲入。
图1. 基因敲入原理图
3.CRISPR - Cas9 敲入的步骤
设计 gRNA 和供体 DNA 模板
为了确保基因编辑的精准性,gRNA 的设计必须具备高度的特异性,从而能够精确地引导 Cas9 蛋白到达目标位点。借助生物信息学工具,可以高效地筛选出合适的 gRNA 序列,以最大限度地降低脱靶效应的发生概率。在供体 DNA 模板的设计方面,需要包含目的基因以及与目标位点两侧具有同源性的序列。通常情况下,同源臂的长度大致在几百个碱基对的范围内,然而,其具体长度还需依据实验的具体需求、细胞类型以及其他相关因素来综合确定。
构建 CRISPR - Cas9 敲入载体系统
将 Cas9 蛋白编码基因和 gRNA 序列整合到适合的载体中,例如质粒载体。与此同时,供体 DNA 模板可以构建到另一个独立的载体中,或者通过其他方法(如寡核苷酸等)引入细胞中。
细胞转染或其他导入方式
将构建完成的CRISPR-Cas9载体系统及供体DNA模板导入目标细胞。常用的导入方法包括脂质体转染和电穿孔等。不同细胞类型对导入方法的敏感性各异,因此需根据具体细胞类型选择适宜的导入手段,以提升导入效率。
筛选和鉴定敲入细胞
若载体携带筛选标记基因,可借助抗生素筛选标记来富集可能发生基因敲入的细胞群体;此外,荧光标记等其他筛选手段亦可用于此目的。随后,运用PCR、Southern杂交、测序等技术对筛选出的细胞进行鉴定分析,以确认目的基因是否精准地整合至预定的基因组位点。
4.应用领域
生物医学研究
在疾病模型构建方面,例如在细胞或动物模型中敲入与疾病相关的基因突变,可用于研究疾病的发病机制。以小鼠模型为例,通过敲入人类致病基因,能够模拟人类遗传性疾病的发病过程,从而为药物研发和治疗方案的探索提供重要的基础。
基因治疗
该技术有望应用于单基因遗传病的治疗。例如,通过将正常基因精准敲入患者细胞基因组,可纠正致病基因的缺陷。然而,基因治疗在临床应用中仍面临诸多挑战,如安全性、免疫反应等问题。
农业育种
该技术可用于农作物品种改良。例如,通过敲入抗虫、抗病、抗逆等基因,可提升农作物的产量和品质。